Điều kiện áp dụng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất: Những quy định mới nhất 2026

Doanh nghiệp chế xuất (EPE) được hưởng nhiều ưu đãi về thuế xuất nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng nhờ được áp dụng cơ chế của khu phi thuế quan. Mới đây, Cục Hải quan dã có hướng dẫn mới về điều kiện áp dụng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất là khu phi thuế quan. Văn bản làm rõ các yêu cầu về kiểm tra, giám sát hải quan và thời điểm doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện để áp dụng chính sách thuế theo quy định hiện hành.

Doanh nghiệp chế xuất là gì?

Doanh nghiệp chế xuất (Export Processing Enterprise - EPE) là doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng hóa để xuất khẩu hoặc cung cấp dịch vụ phục vụ hoạt động xuất khẩu. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp chế xuất được xem là hoạt động trong khu phi thuế quan, nhờ đó được áp dụng nhiều cơ chế ưu đãi về thuế và hải quan.

Đây là mô hình được nhiều doanh nghiệp FDI lựa chọn khi đầu tư vào Việt Nam bởi những lợi thế như:

• Miễn hoặc không phải nộp thuế nhập khẩu đối với nhiều loại nguyên liệu, vật tư phục vụ sản xuất.
• Hưởng chính sách thuế giá trị gia tăng theo quy định dành cho khu phi thuế quan.
• Thủ tục xuất nhập khẩu được quản lý theo cơ chế riêng.
• Thuận lợi trong việc tham gia chuỗi cung ứng toàn cầu.

Tuy nhiên, doanh nghiệp không mặc nhiên được hưởng các ưu đãi này. Việc đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan là yêu cầu bắt buộc.

Điều kiện để được áp dụng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất

Căn cứ Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, khu phi thuế quan phải có ranh giới địa lý xác định, được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hệ thống hàng rào và bảo đảm điều kiện để cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra, giám sát. Đồng thời, Điều 28a Nghị định 134/2016/NĐ-CP (được bổ sung tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP) và Nghị định 35/2022/NĐ-CP cũng quy định doanh nghiệp chế xuất phải duy trì các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong suốt quá trình hoạt động.

Theo đó, doanh nghiệp chế xuất cần đáp ứng các điều kiện sau:

1. Được tổ chức và hoạt động theo mô hình khu phi thuế quan

Doanh nghiệp phải có ranh giới địa lý rõ ràng, được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hệ thống hàng rào hoặc tường rào cố định theo quy định của pháp luật.

2. Có cổng và cửa ra, vào phục vụ công tác kiểm tra, giám sát

Khu vực doanh nghiệp phải bố trí cổng, cửa ra vào để cơ quan Hải quan và các cơ quan chức năng thực hiện việc kiểm tra, giám sát và kiểm soát hàng hóa xuất nhập khẩu theo quy định.

3. Đáp ứng đầy đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan

Doanh nghiệp phải duy trì các điều kiện để cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra, giám sát trong suốt quá trình hoạt động. Đây là điều kiện bắt buộc để được áp dụng chính sách thuế của khu phi thuế quan, không chỉ tại thời điểm thành lập mà còn trong suốt thời gian doanh nghiệp hoạt động.

4. Duy trì liên tục các điều kiện trong thời gian hưởng chính sách

Điểm đáng chú ý trong hướng dẫn mới của Cục Hải quan là việc xác định thời điểm doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện. Theo đó, nếu doanh nghiệp chế xuất không còn bảo đảm một hoặc một số điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan thì sẽ không đủ điều kiện áp dụng chính sách thuế của khu phi thuế quan trong khoảng thời gian đó.

Đồng thời, căn cứ Nghị định 96/2026/NĐ-CP, đối với khoảng thời gian doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi thì sẽ không được hưởng chính sách ưu đãi tương ứng. Trường hợp việc thay đổi điều kiện làm thay đổi đối tượng không chịu thuế hoặc chính sách thuế đã áp dụng, doanh nghiệp phải thực hiện khai tờ khai hải quan mới theo quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP).

Tham khảo: Doanh nghiệp trong khu chế xuất được hưởng những ưu đãi gì?

Doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện sẽ bị ảnh hưởng như thế nào?

Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, nếu sau khi hoàn tất đầu tư, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, doanh nghiệp sẽ không được áp dụng chính sách thuế của khu phi thuế quan.

Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp có thể phải:

• Điều chỉnh chính sách thuế đang áp dụng;
• Thực hiện điều chỉnh hóa đơn điện tử theo quy định;
• Phát sinh nghĩa vụ thuế theo quy định hiện hành nếu không còn đủ điều kiện hưởng ưu đãi.

Những trường hợp doanh nghiệp chế xuất không được áp dụng chính sách thuế

Theo hướng dẫn của cơ quan hải quan, không phải mọi doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với mục tiêu là doanh nghiệp chế xuất đều mặc nhiên được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan. Trong quá trình hoạt động, nếu doanh nghiệp không đáp ứng hoặc không duy trì các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định thì sẽ không được áp dụng các chính sách thuế ưu đãi tương ứng.

Một số trường hợp doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý gồm:

1. Không đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan

Đây là nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến việc doanh nghiệp không được áp dụng chính sách thuế dành cho doanh nghiệp chế xuất. Ví dụ:

• Không có hàng rào cứng ngăn cách với khu vực bên ngoài.
• Hệ thống cổng ra vào không đáp ứng yêu cầu kiểm soát.
• Khu vực lưu giữ hàng hóa không đảm bảo phục vụ công tác giám sát.
• Không duy trì điều kiện sau khi đã được cơ quan hải quan xác nhận.

Trong các trường hợp này, doanh nghiệp có thể phải chuyển sang áp dụng chính sách thuế như doanh nghiệp nội địa đối với các giao dịch phát sinh theo quy định của pháp luật.

Tham khảo thêm: Danh sách 10 công ty làm thủ tục hải quan uy tín

2. Không thực hiện đúng chế độ quản lý hàng hóa

Doanh nghiệp chế xuất phải quản lý chặt chẽ toàn bộ nguyên liệu, vật tư, máy móc và thành phẩm nhập khẩu. Các sai sót như:

• Không theo dõi tồn kho.
• Chênh lệch số liệu giữa thực tế và sổ sách.
• Không lưu giữ chứng từ đầy đủ.
• Không giải trình được nguồn gốc hàng hóa.

đều có thể dẫn đến rủi ro khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.

3. Sử dụng hàng hóa không đúng mục đích

Một số doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu theo diện ưu đãi nhưng lại:

• Bán vào thị trường nội địa;
• Sử dụng sai mục đích đăng ký;
• Chuyển nhượng không đúng quy định.

Những trường hợp này không chỉ phát sinh nghĩa vụ thuế mà còn có thể bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về hải quan và thuế.

Rủi ro khi doanh nghiệp chế xuất áp dụng chính sách thuế có thể gặp phải

Việc không đáp ứng điều kiện áp dụng chính sách thuế không chỉ làm tăng chi phí mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động sản xuất và xuất khẩu. Một số rủi ro thường gặp gồm:

Phát sinh truy thu thuế

Nếu doanh nghiệp đã áp dụng chính sách thuế ưu đãi nhưng sau đó bị xác định không đủ điều kiện, cơ quan quản lý có thể yêu cầu:

• Kê khai điều chỉnh;
• Nộp bổ sung các khoản thuế;
• Nộp tiền chậm nộp theo quy định.

Điều này có thể ảnh hưởng đáng kể đến dòng tiền và kế hoạch tài chính của doanh nghiệp.

Chậm thông quan hàng hóa

Khi hồ sơ chưa đầy đủ hoặc doanh nghiệp chưa đáp ứng điều kiện giám sát, quá trình thông quan có thể kéo dài. Hệ quả là:

• Chậm giao hàng cho khách;
• Tăng chi phí lưu kho, lưu bãi;
• Phát sinh phí lưu container (demurrage) và lưu bãi (storage);
• Ảnh hưởng đến uy tín với đối tác quốc tế.

Đối với các ngành điện tử, dệt may, linh kiện ô tô hoặc sản xuất theo mô hình Just In Time (JIT), chỉ một vài ngày chậm thông quan cũng có thể làm gián đoạn toàn bộ dây chuyền sản xuất.

Tăng chi phí logistics

Khi hàng hóa bị giữ tại cảng hoặc cửa khẩu, doanh nghiệp có thể phải chịu thêm nhiều khoản chi phí như:

• Lưu container;
• Lưu bãi;
• Nâng hạ;
• Kiểm hóa;
• Vận chuyển bổ sung;
• Phí thay đổi kế hoạch giao hàng.

Đây là những chi phí phát sinh mà doanh nghiệp hoàn toàn có thể hạn chế nếu chuẩn bị hồ sơ và điều kiện pháp lý đầy đủ ngay từ đầu.

Bạn nên biết: Chi phí logistics được tính toán như thế nào?

LACCO Logistics – Đồng hành cùng doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu

Hoạt động xuất nhập khẩu không chỉ đòi hỏi năng lực vận chuyển mà còn yêu cầu doanh nghiệp am hiểu quy định pháp luật về hải quan, thuế và các thủ tục quản lý chuyên ngành. Chỉ một sai sót nhỏ trong hồ sơ hoặc quy trình cũng có thể dẫn đến chậm thông quan, phát sinh chi phí hoặc ảnh hưởng đến chính sách thuế được áp dụng.

Với gần 20 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics quốc tế, LACCO Logistics cung cấp giải pháp toàn diện giúp doanh nghiệp tối ưu hoạt động xuất nhập khẩu:

• Vận tải biển quốc tế (FCL/LCL).
• Vận tải hàng không.
• Vận tải đường bộ và vận tải xuyên biên giới.
• Dịch vụ khai báo hải quan.
• Xin giấy phép xuất nhập khẩu và các thủ tục chuyên ngành.
• Dịch vụ Door-to-Door.
• Tư vấn giải pháp logistics phù hợp với từng loại hình doanh nghiệp, bao gồm doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu.

Đội ngũ chuyên gia của LACCO luôn sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp cập nhật các quy định mới về hải quan, tư vấn phương án xử lý phù hợp và đồng hành trong suốt quá trình vận chuyển hàng hóa, góp phần đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu diễn ra thuận lợi, đúng quy định và hiệu quả.

Câu hỏi thường gặp (FAQ)

1. Doanh nghiệp chế xuất có được miễn toàn bộ thuế nhập khẩu không?

Không. Doanh nghiệp chế xuất không được miễn thuế trong mọi trường hợp. Chính sách thuế chỉ áp dụng đối với những loại hàng hóa đáp ứng đúng quy định của pháp luật và khi doanh nghiệp duy trì đầy đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định hiện hành. Nếu không đáp ứng các điều kiện này, doanh nghiệp có thể không còn được hưởng chính sách thuế dành cho khu phi thuế quan.

2. Nếu doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện giám sát hải quan thì sao?

Khi không đáp ứng hoặc không duy trì các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, doanh nghiệp có thể không được áp dụng chính sách thuế của doanh nghiệp chế xuất. Tùy từng trường hợp cụ thể, doanh nghiệp sẽ phải thực hiện các nghĩa vụ về thuế theo quy định và có thể phải điều chỉnh hồ sơ, chứng từ liên quan.

3. Doanh nghiệp chế xuất có được bán hàng vào thị trường nội địa không?

Có, nhưng việc bán hàng vào thị trường nội địa phải tuân thủ quy định của pháp luật về hải quan, thuế và các chính sách quản lý chuyên ngành. Khi hàng hóa được đưa từ doanh nghiệp chế xuất vào nội địa, doanh nghiệp cần thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan và nghĩa vụ thuế theo quy định.

4. Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì trước khi cơ quan hải quan kiểm tra?

Doanh nghiệp nên thường xuyên rà soát:

• Điều kiện cơ sở vật chất phục vụ kiểm tra, giám sát hải quan.
• Hồ sơ pháp lý liên quan đến hoạt động của doanh nghiệp chế xuất.
• Chứng từ xuất nhập khẩu.
• Báo cáo tồn kho, định mức và sổ sách quản lý hàng hóa.
• Quy trình kiểm soát hàng hóa ra vào doanh nghiệp.

Việc chuẩn bị đầy đủ sẽ giúp quá trình kiểm tra diễn ra nhanh chóng và hạn chế rủi ro phát sinh.

Nguồn: Điều kiện áp dụng chính sách thuế với doanh nghiệp chế xuất

Kết luận

Doanh nghiệp chế xuất đóng vai trò quan trọng trong hoạt động sản xuất và xuất khẩu của Việt Nam, đồng thời được hưởng nhiều chính sách ưu đãi về thuế và hải quan. Tuy nhiên, những ưu đãi này không mang tính mặc nhiên mà gắn liền với việc doanh nghiệp đáp ứng và duy trì đầy đủ các điều kiện về kiểm tra, giám sát theo quy định của pháp luật.

Trong bối cảnh chính sách hải quan ngày càng hướng đến quản lý minh bạch, số hóa và tăng cường kiểm tra sau thông quan, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống quản lý, cập nhật quy định mới và xây dựng quy trình tuân thủ ngay từ đầu. Điều này không chỉ giúp giảm thiểu nguy cơ bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính mà còn góp phần duy trì chuỗi cung ứng ổn định, tối ưu chi phí và nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế.

Nếu doanh nghiệp cần tư vấn về thủ tục hải quan, chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất hoặc giải pháp logistics trọn gói, hãy liên hệ ngay với Công ty CP giao nhận vận tải quốc tế Lacco để được tư vấn nhanh chóng và chi tiết.

Hotline: 0906 23 55 99
Email: info@lacco.com.vn
Website: https://lacco.com.vn